Điều kiện bảo quản của môi trường bột khô chủ yếu được đặt trong môi trường khô ráo, không có ánh sáng, nhiệt độ bảo quản tốt nhất là 15 đến 25°C. Nên tránh ánh nắng trực tiếp và độ ẩm trong nhà quá cao, đồng thời chú ý bảo quản kín để tránh hấp thụ độ ẩm và đóng bánh.
Sau khi mở chai, môi trường nuôi cấy bột khô dễ hút ẩm, nên chú ý đến độ ẩm và sử dụng càng sớm càng tốt. Nếu phát hiện thấy các dấu hiệu bất thường như vón cục hoặc đổi màu bên trong thì không nên tiếp tục sử dụng.